Disiplinlerarası bir program olan Sabancı Üniversitesi Toplumsal Cinsiyet Çalışmaları Doktora Programı, doktora öğrencilerini, toplumsal cinsiyet analizlerini şekillendiren kavram, yöntem ve yeni araştırmalarla tanıştırarak, toplumsal cinsiyet ve cinsellik ilişkilerinin politik, ekonomik, sosyal ve kültürel oluşumları nasıl şekillendirdiklerini, farklı akademik disiplinlerden beslenerek araştırmayı amaçlar.
Doktora programının iki hedefi vardır: Birincisi, akademisyen ve eğitimci adayları için ileri eğitim ve araştırma fırsatları sunmak; ikincisi, kamu politikaları, sivil toplum örgütleri ve insan hakları araştırmaları ve savunuculuğu gibi alanlarda toplumsal cinsiyet çalışmaları yürütecek profesyoneller yetiştirmek. Toplumsal Cinsiyet Çalışmaları doktora programı, Antropoloji, Sosyoloji, Edebiyat, Siyaset Bilimi, Uyuşmazlık Araştırmaları, Tarih, Felsefe, Psikoloji ve Yönetim Bilimleri ile Doğa Bilimleri alanlarındaki öğretim üyelerinin işbirliğine dayalı, disiplinlerarası bir girişim olarak tasarlanmıştır.